因为MySQL密码存储于数据库mysql中的user表中
所以只需要将我windows 2003下的MySQL中的user表拷贝过来覆盖掉就行了
在c:\mysql\data\mysql\(linux 则一般在/var/lib/mysql/mysql/)目录下有三个user表相关文件user.frm、user.MYD、user.MYI
user.frm //user表样式文件
user.MYD //user表数据文件
user.MYI //user表索引文件
为保险起见，三个都拷贝过来，不过其实如果之前在要恢复的那个MySQL上没有更改过表结构的话，只要拷贝user.MYD就行了
然后#. /etc/rc.d/init.d/mysql stop
#. /etc/rc.d/init.d/mysql start
#mysql -u root -p XXXXXX
好了，可以用windows 2003下mysql密码登陆了
mysql>use mysql
mysql>update user set Password=PASSWORD('xxxxxx') where User='root';
这时候会出错，提示user表只有读权限

我分析了一下原因，只这样的，因为user.*文件的权限分配是windows 2003下的，在windows 2003下我ls -l一看权限是666
在linux下我一看，拷过来后权限变成了600(其实正常情况下600就行了，只不过这里的文件属主不是mysql，拷过来后的属主变为了root,所以会出现权限不够，这时候如果你改成权限666则可以了，当然这样不好，没有解决问题的实质)，在/var/lib/mysql/mysql/下ls -l看了一下再
#chown -R mysql:mysql user.*
#chmod 600 user.*
//OK,DONE
重起一下MYSQL
重新连接
mysql>use mysql
mysql>update user set Password=PASSWORD('xxxxxx') where User='root';
mysql>FLUSH PRIVILEGES;
有一点值得注意:如果你windows 下mysql如果是默认配置的话，注意要还要执行
mysql>delete from user where User='';
mysql>delete from user where Host='%';
mysql>FLUSH PRIVILEGES;
好了，到这里恢复密码过程就完成了
这个方法么就是有点局限性，你必须也具备另外的user表文件

其他还有几种方法

其它方法一(这个是网上流传较广的方法,mysql中文参考手册上的)
1. 向mysqld server 发送kill命令关掉mysqld server(不是 kill -9),存放进程ID的文件通常在MYSQL的数据库所在的目录中。
killall -TERM mysqld
你必须是UNIX的root用户或者是你所运行的SERVER上的同等用户，才能执行这个操作。
2. 使用`--skip-grant-tables' 参数来启动 mysqld。 (LINUX下/usr/bin/safe_mysqld --skip-grant-tables , windows下c:\mysql\bin\mysqld --skip-grant-tables)

3. 然后无密码登录到mysqld server ，
>use mysql
>update user set password=password("new_pass") where user="root";
>flush privileges;
。你也可以这样做：`mysqladmin -h hostname -u user password 'new password''。

4. 载入权限表： `mysqladmin -h hostname flush-privileges' ，或者使用 SQL 命令`FLUSH PRIVILEGES'。
5.killall -TERM mysqld
6.用新密码登陆

其它方法二

直接用十六进制编辑器编辑user.MYD文件

不过这个里面我要说明一点，我这里编辑的时候发现个问题，加密的密码串有些是连续存储的，有些的最后两位被切开了，后两位存储在后面其他地方.这一点我还没想明白.还有注意一点就是编辑的是加密过的密码串，也就是说你还是需要另外有user表文件。这种方法和我最上面介绍的方法的区别在于，这种方法直接编辑linux下的user表文件，就不需要重新改文件属主和权限了。